Nos tempos compostos, isto é, aqueles que são formados por um verbo auxiliar e um verbo principal, o pronome átono deve ser colocado sempre em relação ao verbo auxiliar.
Assim como na colocação dos tempos simples, pode ocorrer próclise, ênclise ou mesóclise. As regras que regem essas colocações são as mesmas utilizadas para os tempos simples.
Nunca a tínhamos visto tão triste.
Há próclise em relação ao verbo auxiliar (“tínhamos”) por haver palavra com sentido negativo (“nunca”).